Dự án Debian và Nathanael Nerode đã có lời phản đối giấy phép[6]. Những lập trình viên Debian cuối cùng đã biểu quyết đồng ý những sản phẩm được cấp phép theo GFDL là thỏa mãn với Hướng dẫn Phần mềm Tự do Debian của họ miễn là điều khoản về phần bất biến không được sử dụng[7]. Những người này đề nghị sử dụng những giấy phép thay thế như các giấy phép Creative Commons chia sẻ tương tự, Giấy phép Tài liệu BSD, hay thậm chí là sử dụng GNU GPL. Họ xem GFDL là giấy phép không tự do. Lý do là GFDL bắt buộc các văn bản "bất biến" không được thay đổi hoặc xóa đi, cùng với sự cấm đoán những hệ thống quản lý quyền lợi kỹ thuật số (DRM) khi sử dụng GFDL về mặt từ ngữ còn áp dụng cho cả "những bản sao chép cá nhân được tạo ra nhưng không phân phối"[8].

Điều khoản DRM

GNU FDL có chứa lời tuyên bố sau:

Nguyên văn:
You may not use technical measures to obstruct or control the reading or further copying of the copies you make or distribute.

Tạm dịch:

Bạn không được sử dụng bất kỳ phương tiện kỹ thuật nào để cản trở hoặc quản lý việc đọc hoặc sao chép về sau của những bản sao do bạn tạo ra hoặc phân phối.

Người ta chỉ trích ngôn từ này ở chỗ nó quá rộng, vì nó áp dụng cho cả những bản sao mang tính riêng tư được tạo ra những không phân phối. Điều này có nghĩa là người được cấp phép không được phép lưu trữ những bản sao tài liệu "được tạo ra" theo một định dạng tập tin hoặc sử dụng một kỹ thuật mã hóa mang tính thương mại nào.

Vào năm 2003, Richard Stallman đã bàn về câu nói trên trong danh sách gửi thư debian-legal[9]:

Điều này có nghĩa là bạn không thể xuất bản chúng mà sử dụng những hệ thống DRM để hạn chế những người sở hữu bản sao này. Nó không có ý nói đến việc sử dụng kỹ thuật mã hóa hoặc quản lý truy cập tập tin đối với bản sao của chính bạn. Tôi sẽ nói chuyện với luật sư của chúng ta và xem xem câu này có cần phải làm rõ nghĩa hơn không.

Những phần bất biến

Một tác phẩm GNU FDL có bị gây trở ngại một cách nhanh chóng vì tác phẩm đó sẽ được trao cho một tiêu đề mới, hoàn toàn khác và kèm theo một danh sách các tiêu đề trước đó của nó. Điều này có thể dẫn đến tình huống trong đó có một loạt các trang ghi tiêu đề, cùng những lời đề tặng, trong mỗi một bản sao của cuốn sách nếu nó đã được thay đổi nhiều lần. Những trang này không để bỏ đi cho đến khi nào tác phẩm thuộc về phạm vi công cộng sau khi hết hạn bản quyền.

Richard Stallman đã nói về những phần bất biến trong danh sách gửi thư debian-legal[10] như sau:

Mục đích của những phần bất biến, kể từ những năm 80 khi chúng tôi lần đầu tiên biến Bản tuyên ngôn GNU thành một phần biến trong Sổ tay Sử dụng Emacs, là để đảm bảo rằng chúng không thể bị bỏ đi. Cụ thể hơn, là để đảm bảo rằng những người phân phối Emacs cùng với cả những phần mềm không tự do sẽ không thể xóa bỏ những tuyên bố về triết lý của chúng tôi, điều mà họ có thể sẽ nghĩ tới vì những tuyên bố đó đang phê phán hành động của họ.

Không tương thích qua lại với GPL

GNU FDL không tương thích với GPL theo cả hai chiều: có nghĩa là những tài liệu GNU FDL không thể đặt vào mã GPL và những mã GPL cũng không thể đặt vào một sổ tay sử dụng theo GNU FDL[11]. Vì lý do này, những đoạn mã ví dụ thường được cấp phép kép để chúng có thể xuất hiện trong tài liệu cũng như sử dụng trong một chương trình phần mềm tự do[cần dẫn nguồn].

Trong hội nghị GPLv3 quốc tế tổ chức tại Barcelona vào ngày 22 và 23 tháng 6 năm 2006, Eben Moglen đã gợi ý rằng sẽ có một phiên bản mới của GPL phù hợp cho cả tài liệu[12]:

Với việc phát biểu rằng LGPL chỉ là một giấy phép bổ sung nằm ở phía trên GPL, chúng ta đã đơn giản hóa không gian giấy phép của chúng ta rất nhiều. Nó cũng giống việc bỏ đi một lực trong vật lý vậy, đúng chứ? Nhưng chúng ta mới chỉ thống nhất điện từ yếu. Lý thuyết trường thống nhất vẫn thoát khỏi tay chúng ta cho đến khi nào cả những giấy phép tài liệu cũng chỉ là những giấy phép bổ sung nằm trên GPL. Tôi không biết làm thế nào chúng ta đạt được điều đó, nó là trọng lực, nó thật sự rất khó.

Gánh nặng khi in ấn

GNU FDL đòi hỏi những người được cấp phép, khi in một tài liệu dưới giấy phép này, cũng phải kèm theo "Giấy phép này, những thông báo bản quyền, cùng thông báo giấy phép trong đó nói rằng Giấy phép này áp dụng cho Tài liệu" (this License, the copyright notices, and the license notice saying this License applies to the Document). Điều này có nghĩa là nếu một người được cấp phép in một bản sao bài viết mà văn bản của nó do GNU FDL điều chỉnh, anh hoặc chị ta cũng phải kèm theo một lời thông báo bản quyền và một bản in thực sự toàn văn GNU FDL, mà bản thân giấy phép này cũng đã là một tài liệu khá lớn. Tệ hơn nữa, những yêu cầu như vậy cũng áp dụng cho việc sử dụng đơn lẻ chỉ một hình ảnh (ví dụ, hình ảnh trên Wikipedia)[13].

Những dạng thức trong suốt

Định nghĩa của dạng thức "trong suốt" (transparent) khá phức tạp, và có thể khó áp dụng. Ví dụ, những bản vẽ được yêu cầu phải ở định dạng cho phép chúng được sửa đổi dễ dàng bằng "một chương trình vẽ nào đó dễ dàng có được". Định nghĩa "dễ dàng lấy được" (từ gốc "widely available") có thể khó diễn dịch, và có thể thay đổi theo thời gian, vì có những phần mềm ví dụ như chương trình sửa đổi hình ảnh Inkscape mã nguồn mở liên tục phát triển, nhưng vẫn chưa đạt đến phiên bản 1.0. Tiết đoạn này, được viết lại giữa phiên bản 1.1 và 1.2 của giấy phép, đã sử dụng không nhất quán các thuật ngữ "dễ dàng có được" và "mang tính thương mại" (proprietary) mà không định nghĩa chúng. Theo một diễn dịch sát với giấy phép, việc tham chiếu đến "chương trình soạn thảo văn bản chung" (generic text editors) có thể được diễn dịch là loại trừ bất kỳ định dạng nào mà con người không đọc được thậm chí nếu nó được một bộ xử lý văn bản mã nguồn mở sử dụng; còn theo một cách diễn dịch thoáng, định dạng.doc của Microsoft Word cũng có thể được xem là trong suốt, vì một nhóm con trong các tập tin.doc có thể được sửa đổi hoàn hảo bằng OpenOffice.org, và do đó định dạng này không phải là thứ "chỉ có thể đọc hoặc sửa đổi bằng những phần mềm xử lý văn bản thương mại" (that can be read and edited only by proprietary word processors).